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Les plaines marécageuses et savanes de l'Est cèdent la place aux collines et montagnes qui culminent dans l'ouest du Rwanda. Ce paysage valonné contribu au surnom du Rwanda, le «Pays aux Milles Collines». Autrefois volcans, ces collines sont connues comme étant le sanctuaire des derniers gorilles des montagnes.
Le Parc National des Volcans est un havre de paix pour environ 400 gorilles des montagnes et englobe cinq des huit volcans des Virunga, tous recouverts d’une épaisse forêt tropicale. Ces montagnes coniques contribuent de la meilleure des façons au surnom de pays des Mille Collines. Outre les gorilles, le parc abrite également le rare singe doré, le céphalophe à front noir, la hyène tachetée et quelques éléphants.
Le Parc National de la Forêt de Nyungwe s’étend sur 100 000 hectares de prairies, marais, tourbières et bambous. Cette forêt est comptée parmi les plus anciennes d’Afrique et abrite une riche biodiversité avec notamment 310 espèces d’oiseaux, ainsi que le plus proche cousin de l’homme, le chimpanzé. Au sud du parc se trouve le plus grand lac du pays, le lac Kivu, appartenant au rift Albertin et débordant d’eau cristalline.