Les premiers témoignages de la présence humaine dans la région se trouvent dans le Parc National Kruger, et datent d’aussi loin que 1.5 million d’années. On a trouvé des vestiges de la présence du peuple San remontant au moins à 100.000 ans. Vers 200 après J.-C., un peuple de langue Nguni en recherche de meilleur pâturage pour son bétail migra vers le sud dans la région du Kruger et en délogea le peuple San. En l’an 800 après J.-C., les Arabes commencèrent à lancer des raids dans la région à partir des ports du Mozambique pour capturer des esclaves. Une étrange et mystérieuse civilisation émergea également dans les régions nord du parc. Ses habitants construisirent la Citadelle de Pierre de Thulamela qui a été occupée entre 1250 et1700 après J.-C. Ils extrairent du minerai en provenance de pas moins de 200 mines pour le transformer en fer et en faire le commerce.
Le premier Européen à explorer le domaine actuel du Parc National Kruger a été François Cuiper, qui a dirigé une expédition de la Compagnie Hollandaise des Indes Orientales de la colonie du Cap en 1725. Toutefois, l’expédition fut attaquée par des tribus près de Gomondwane et abandonnée. Vers 1838, les expéditions Voortrekker conduites par Louis Trichardt et Hans van Rensburg ont permis d’explorer le Lowveld et plus tard des routes ont été créées pour rendre accessible la région du Kruger.
De l’or a été découvert en Septembre 1873 à Pilgrim’s Rest, puis en 1881 à Barberton. Les chercheurs d’or se ruèrent alors vers le Lowveld, la perspective de faire fortune ayant banni toute crainte des lions, des crocodiles et du paludisme. Cela contribua à un déclin dramatique de la faune sauvage dans la région, en raison de la chasse et du commerce des cornes et des peaux.
En 1895, Jakob Louis van Wyk introduit dans le Volksraad (ancien Parlement) de l'ancienne République sud-africaine, une motion visant à créer la réserve qui allait devenir le parc national Kruger. Cette proposition, présenté conjointement avec un autre membre Volksraad sous le nom de RK Loveday, et acceptées pour discussion en Septembre 1895 par une majorité d'une voix, et a abouti à la proclamation par Paul Kruger président de la république du Transvaal, le 26 Mars 1898, de «parc de la faune du gouvernement." Ce parc sera plus tard connu sous le nom de la Réserve Sabi et a été étendu dans le Parc national Kruger en 1926.
En 1912, la ligne de chemin de fer Stevenson-Hamilton traversant la réserve fut inaugurée, portant le nom d’un commandant britannique qui devint le premier directeur du Parc national Kruger. La ligne fut utilisée avec succès et les touristes s'arrêtaient au parc pour déjeuner. En 1916, une commission gouvernementale a été créée pour évaluer l’avenir de la réserve.
En 1926, en acte de réconciliation, l’administration britannique rebaptisa officiellement la réserve d’après Paul Kruger, et elle la déclara le premier parc national de l’Afrique du Sud. En 1927, le parc fut ouvert au public qui payait 1 £ l’entrée. Seule une poignée de voitures a traversé le parc cette année là, mais dès 1935 quelques 26.000 personnes ont franchi les grilles du parc. Aujourd’hui, le nombre est d’environ un million de visiteurs par an.