En el Parque Nacional Kruger se han encontrado pruebas de la presencia de prehomínidos que se remontan hasta hace 1 500 000 años. Los bosquimanos habitaron en el área desde 100 000 a.C. Hacia el 200 llegaron los primeros pobladores de lengua nguni en busca de mejores pastos para su ganado, desplazándose hacia el sur y reemplazando a los bosquimanos. Hacia el 800, los árabes empezaron a hacer incursiones en la zona en busca de esclavos, usando los puertos de Mozambique. También surgió una civilización en la región norte del parque. Esta civilización construyó la ciudadela de piedra Thulamela, que estuvo habitada entre 1250 y 1700. También extrajeron mena de hierro de más de 200 minas, que convertían en hierro para comerciar.
El primer europeo que exploró la que es ahora la zona del Parque Nacional Kruger fue Francois de Cuiper, que dirigió una expedición de la Dutch East India Company desde la colonia del Cabo en 1725. Pero la expedición fue atacada por tribus locales cerca de Gomondwane y se vio obligada a retirarse.
Alrededor de 1838, las expediciones de Voortrekker guiadas por Louis Trichardt y Hans van Rensburg exploraron el bajo veld, y más tarde se establecieron rutas de carromatos desde y hasta la zona del Kruger.
En septiembre de 1873 se descubrió oro en Pilgrim's Rest, y en 1881 en Barberton. Los buscadores de fortuna acudieron rápidamente al bajo veld, pues la perspectiva de encontrar oro barrió el miedo a los leones, los cocodrilos y la malaria. Aquí empezó el declive de la población de animales salvajes de la zona, a causa de la caza y el comercio de cuernos y pieles de animales.
En 1895, Jakob Louis van Wyk presentó en el Volksraad (anteriormente el Parlamento) de la antigua República Sudafricana una moción para crear una reserva de animales que se convertiría en el Parque Nacional Kruger. La moción, presentada conjuntamente con otro miembro del Volksraad llamado R. K. Loveday y aceptada a debate en septiembre de 1895 por solo un voto de diferencia a favor, llevó a que el 26 de marzo de 1898, Paul Kruger, presidente de la República del Transvaal, proclamase la creación de un “Parque gubernamental de vida salvaje”. Este parque sería conocido más tarde como la Reserva de Animales Sabi, y en 1926 se expandió hasta convertirse en el Parque Nacional Kruger.
En 1912 se construyó una vía férrea que cruzaba la reserva. Stevenson-Hamilton (un comandante británico que acabó convirtiéndose en el primer guardián del Parque Nacional Kruger) la usó con éxito para hacer que los turistas se detuvieran a almorzar. En 1916, el gobierno creó una comisión para evaluar el futuro de las reservas. En 1929, como acto de reconciliación, la administración británica renombró oficialmente la reserva en honor de Paul Kruger, y la declaró el primer parque nacional de Sudáfrica.
En 1927, el parque abrió sus puertas al público; la entrada costaba 1 libra. Tras la proclamación del Parque Nacional Kruger en 1926, en 1927 entraron los tres primeros automóviles de turistas, cifra que ascendió a 180 en 1928 y 850 en 1929. El guardián James Stevenson-Hamilton se retiró el 30 de abril de 1946, tras 44 años a cargo del Parque Kruger y su predecesor, la Reserva de Animales Sabi. en la actualidad, el Kruger recibe más de un millón de visitantes al año.